裸子植物
日本で身近な裸子植物をざっくり分けるとイチョウの仲間、ソテツの仲間、針葉樹の仲間（球果類）があります。ここでは園内の裸子植物をまとめてみました。
イチョウの仲間で現存のものはイチョウのみ（他は化石）で、園内にも植栽されていましたが、2018年のフィールドステーション棟建設の際に伐採されて現在はありません。
ソテツの仲間は暖かい地域に分布する種が多く、寒冷地に位置する当園には植栽されていません。
針葉樹の仲間はさらにマツの仲間とヒノキの仲間に大別され、それぞれ多くの植物が園内に植栽されています。
日光植物園で見られる裸子植物（仮）
イチョウ目 Ginkgoales
イチョウ科 Ginkgoaceae
イチョウ（準備中）
Ginkgo biloba L.
マツ目 Pinales
マツ科 Pinaceae
マツ属
アカマツ
Pinus densiflora Siebold et Zucc.
ハイマツ
Pinus pumila (Pall.) Regel
ヒメコマツ
Pinus parviflora Siebold et Zucc. var.
parviflora
チョウセンゴヨウ
Pinus koraiensis Siebold et Zucc.
タカネゴヨウ
Pinus armandii Franch.
モミ属
モミ
Abies firma Siebold et Zucc.
ウラジロモミ
Abies homolepis Siebold et Zucc.
シラビソ
Abies veitchii Lindl.
アカトドマツ
Abies sachalinensis (F.Schmidt) Mast. var.
sachalinensis
アオトドマツ
Abies sachalinensis (F.Schmidt) Mast. var.
mayriana Miyabe et Kudô
トウヒ属
トウヒ
Picea jezoensis (Siebold et Zucc.) Carrière var.
hondoensis (Mayr) Rehder
エゾマツ
Picea jezoensis (Siebold et Zucc.) Carrière var.
jesoensis
イラモミ（マツハダ）
Picea alcoquiana (Veitch ex Lindl.) Carrière
ハリモミ
Picea polita (Siebold et Zucc.) Carrière
ヤツガタケトウヒ
Picea koyamae Shiras.
ツガ属
ツガ
Tsuga sieboldii Carrière
コメツガ
Tsuga diversifolia (Maxim.) Mast.
カラマツ属
カラマツ
Larix kaempferi (Lamb.) Carrière
ヒマラヤスギ属
ヒマラヤスギ
Cedrus deodara (Roxb.) G.Don
ヒノキ目 Cupressales
ヒノキ科 Cupressaceae
ヒノキ属
ヒノキ
Chamaecyparis obtusa (Siebold et Zucc.) Endl.
サワラ
Chamaecyparis pisifera (Siebold et Zucc.) Endl.
スギ属
スギ
Cryptomeria japonica (L.f.) D.Don
ネズミサシ属
ネズミサシ（ネズ）
Juniperus rigida Siebold et Zucc.
ミヤマビャクシン
Juniperus chinensis L. var.
sargentii A.Henry
ハイビャクシン
Juniperus chinensis L. var.
procumbens Siebold ex Endl.
ホンドミヤマネズ（準備中）
Juniperus communis L. var.
hondoensis (Satake) Satake
ネズコ属
ネズコ（クロベ）
Thuja standishii (Gordon) Carrière
アスナロ属
アスナロ
Thujopsis dolabrata (L.f.) Siebold et Zucc. var.
dolabrata
コウヨウザン属
コウヨウザン
Cunninghamia lanceolata (Lamb.) Hook.
メタセコイア属
イチイ科 Taxaceae
イチイ属
イチイ
Taxus cuspidata Siebold et Zucc.
カヤ属
カヤ
Torreya nucifera (L.) Siebold et Zucc.
チャボガヤ
Torreya nucifera (L.) Siebold et Zucc. var.
radicans Nakai
イヌガヤ属
イヌガヤ
Cephalotaxus harringtonia (Knight ex Forbes) K.Koch var.
harringtonia
コウヤマキ科 Sciadopityaceae
コウヤマキ
Sciadopitys verticillata (Thunb.) Siebold et Zucc.