日光とその周辺には戦場ヶ原、鬼怒沼、尾瀬ヶ原など日本有数の湿原が数多くあり、植物学的に貴重な植物が多数あります。当園では豊富な水を利用していくつかボッグをつくり、水生植物、湿生植物を育てています。

メインとなるのが実験室前芝生の東側のボッグガーデンで、多くの湿生植物が育てられています。サクラソウ、ヒオウギアヤメ、ムラサキヘイシソウ（北アメリカ原産）、アサマフウロ、サワギキョウなどが見られます。

ボッグガーデン南の小さな池（鏡池）にはシモツケコウホネを新しく植栽しました。園内には他にもカキツバタ池やミズバショウ池のほか、スイレン池、大池、三ツ池、から池など多くの池があります。