日光とその周辺には戦場ヶ原、鬼怒沼、尾瀬ヶ原など日本有数の湿原が数多くあり、植物学的に貴重な植物が多数あります。当園では豊富な水を利用していくつかボッグをつくり、水生植物、湿生植物を育てています。
メインとなるのが実験室前芝生の東側のボッグガーデンで、多くの湿生植物が育てられています。クリンソウ、ヒオウギアヤメ、ムラサキヘイシソウ（北アメリカ原産）、アサマフウロ、サワギキョウなどが見られます。
他のボッグにはカキツバタ池やミズバショウ池などがあります。
